Insieme al San Matteo di Pavia ed al Civile di Cesena, l'Ospedale San Giovanni di Roma è tenuto sotto stretto controllo anti baco. Il programma di collaudo dell'informatica nella sanità, attuato dal Ministero nella primavera di quest'anno è concentrato, infatti, su queste tre strutture.
Lo scopo è quello di verificare che le apparecchiature coinvolte nelle terapie intensive e di emergenza, i sistemi di diagnostica, di radioterapia e di monitoraggio, non corrano alcun rischio di malfunzionamento nella notte del 31 dicembre. 
Resta, però, la paura di un black out totale.

Per fare fronte a questa eventualità è stato predisposto un gruppo elettrogeno in grado di garantire una piena autonomia della struttura di ben 12 ore, come assicura Mario Di Lazzaro, Direttore del Dipartimento Anestesia e Rianimazione del San Giovanni:"In questo senso siamo attrezzati sia con generatori e gruppi di continuità per le situazioni di maggiore importanza e sia con una rete di radiomobili a batteria, autonoma dalla rete telefonica nazionale, per la comunicazione interna".

Ma, spiega Giancarlo Calzetta, Dirigente del Sistema Informativo Aziendale, il ricorso all'informatica e ai sistemi computerizzati interessa anche la gestione aziendale di una struttura ospedaliera. Per esempio per il controllo delle liste di attesa dei reparti di emergenza:"Nella sala centrale del sistema informativo aziendale è stato collocato un calcolatore per connettere in rete tutte le attività informatiche dell'azienda ospedaliera. In modo particolare le attività di emergenza e di poliambulatorio. Le stazioni in rete sono 462.

Tutto è stato verificato rispetto al millennium bug su due livelli: il livello dei sistemi operativi di base, certificati dalle aziende costruttrici, e il livello del sottosistema gestionale, certificato dalle società produttrici di software".